Le soir du Bal masqué, Christine, en domino noir entraîne Raoul dans sa loge où, bien qu’elle lui avoue son amour, elle refuse de lui expliquer davantage son étrange conduite. Au même instant, le fantôme fait une apparition remarquée costumé en Mort Rouge, puis pourchasse Christine. Celle-ci dit adieu à Raoul qui, un peu plus tard, se cache dans sa loge et la voit écrire des lettres en murmurant “Pauvre Erik”. Raoul en pleure de jalousie. Christine disparaît alors de sa loge en disant “Erik, me voici.”

Raoul prévient Maman Valerius de ce que l’Ange de la musique est un imposteur, Christine se fâche d’abord, puis promet à Raoul de passer du temps avec lui, ce qu’ils font toute la journée pendant plusieurs semaines, puisqu’il a promis de partir en expédition au Pôle Nord trois semaines plus tard. On voit que Christine a peur du fantôme. Elle a promis, on ne sait pourquoi, d’aller vivre sous terre avec lui le lendemain… Il compose depuis vingt ans un opéra, Don Juan Triomphant, et veut qu’elle le chante pour lui.

Affolée, elle entraîne Raoul sur le toît, surveillée, à son insu par le fantôme qui, témoin de l’amour-et des fiançailles secrètes- des jeunes gens, laisse planer son ombre menaçante. Christine promet alors de fuir avec Raoul le lendemain, mais le fantôme part surveiller Raoul chez lui, qui, devenu à moitié fou, tire sur les deux yeux de braise, et se dispute avec son frère en pleine nuit.

Le lendemain, Raoul passe la journée à préparer l’enlèvement de sa belle qui persiste à vouloir chanter Faust pour faire plaisir au fantôme mais, aussitôt la représentation terminée, elle disparaît, et ce n’est pas le Vicomte qui l’a enlevée. Or, personne n’écoute le jeune homme, surtout pas les directeurs, trop occupés à s’accuser mutuellement du vol des 20 000 francs de l’enveloppe du fantôme…

Lancé à sa poursuite peu après, Raoul fait une rencontre providentielle en la personne du mystérieux Persan. Les deux hommes cheminent alors au travers des souterrains les plus profonds de l’opéra, s’enfonçant dans un enfer où l’on croise divers corps de métiers ou des mendiants, jusqu’à ce terrifiant chasseur de rats, toujours précédé d’un incendie. L’entrée du repaire d’Erik se trouve juste sous la potence dressée pour Buquet, et explique son meurtre. Il en avait trop vu. Raoul et le Persan tombent alors à proximité de la chambre où Christine est retenue prisonnière. Comme le Persan raconte ce qu’il sait à Raoul, on entend une dispute entre Erik et Christine: le fantôme lui a posé un ultimatum jusqu’au lendemain à 23 heures: la messe de mariage ou la messe des morts?

Erik, soupçonnant une présence, met aussitôt en route le mécanisme de la chambre de torture où sont tombés le Persan et le Vicomte: l’arbre de fer, une potence, est le destin de ceux qui ne supportent plus les hallucinations visuelles et auditives de la chambre aux miroirs où la température monte inexorablement. En même temps, Erik protège l’autre entrée de son domaine et tue involontairement le Comte de Chagny venu par la rue Scribe au secours de son frère. On le retrouvera noyé.

Le Persan et Raoul découvrent alors une pièce remplie de tonneaux de poudre. Si Christine vote pour la mort, tout l’Opéra explosera en pleine représentation. Les deux hommes retournent à la chambre des supplices et tentent de communiquer avec la jeune fille. Au retour d’Erik, elle accepte de l’épouser, et le monstre inonde le sous-sol, mais l’eau monte, et les deux amis sont encore piégés dans la chambre aux miroirs.

Néanmoins, ayant pitié de la jeune fille qui l’embrasse sur le front, Erik laisse fuir les amoureux et part se donner la mort, ayant laissé ses instructions à Christine et parlé une dernière fois au Persan. Le narrateur est témoin de la découverte de son squelette. Fort étrangement, si le fantôme est de chair, de sang et d’os, et laisse une trace, les deux jeunes gens, eux, ont disaparu, nul ne sait ce qu’ils sont devenus. Ce sont eux les chimères, ou la fantaisie-prétexte à l’histoire. Ou alors, peut-être que Christine disparaît de la page parce qu’elle abandonne la musique et le fantôme (l’art) pour se marier…